邓元起字仲居，南郡当一一人。少年时就有胆略才干，具侠义之气，在齐朝官作到武宁太守。梁武帝起兵时，萧颖胄写信征召他，他当天就起身上路，率兵和武帝在夏口会合。齐和帝即位，委任他为广州刺史。齐中兴元年(501)，任益州刺史，仍为伐齐的前军将军。平定建康后，进官号为征虏将军。天监初年，封为当一一县侯，才开始到益州去上任。
当初，梁武帝起兵时，益州刺史刘季连态度暧昧。等听说元起到任，便出兵抗拒。元起到巴西，巴西太守朱士略开城门迎降。先前蜀地人民为避兵多逃亡山中，这时都争相出山投奔元起，都说是起义响应朝廷。元起军队在路上日子长了，军粮快要断绝，有人向元起进言说：“蜀郡的政令废弛。户口不实，如果检查巴西一郡的户籍，对隐瞒户籍的人课以重罚，一定会收获不小。”元起认为不错。涪县令李膺劝谏说：“使君前有严阵以待之敌，后面没有后继援兵，山中人刚刚归附，对我们还处于观察阶段，如果措施太苛刻，他们一定不能忍受。众心一旦离散，后悔就来不及了。请让我另想办法，不怕军资粮草不足。”元起说：“好哇，这事就全委托你了。”李膺退出，率领富户捐献军粮，很快得到三万斛。
元起进兵屯驻西平，季连才开始布置军队环城守卫。当时益州久遭兵祸，农耕荒废，城内外的都受饥饿威胁，以至人吃人，路断人稀。刘季连走投无路，正好第二年武帝使人来赦免季连之罪，并准予投降，于是季连当日便开城迎元起入城，元起派人把他送往建康。
元起任用同乡庾黔娄为录事参军，又得荆州刺史萧遥欣的旧客蒋光济，都给予厚待，把州里的政务交他们办理。黔娄很廉洁，光济多计谋，都劝助元起行施仁政。元起克服刘季连时，城内的财宝不据为私有，勤政爱民，从不谈论财物女色。他很能喝酒，饮一斛也不醉，到这时也把酒戒了，受到蜀地人士的称颂。元起舅舅的儿子梁矜孙性情轻浮，和庾黔娄的志向行事不合，于是就对元起挑拨说：“城里头人们都说有三个刺史，您怎么能受得了呢？”元起因此而疏远黔娄而政绩渐不如前。
在益州任上二年后，因母亲年老请求回家奉养，武帝下诏准许。征召他为右卫将军，用西昌侯萧渊藻代替他。当时梁州长史夏侯道迁占据南郑叛乱，招引北魏将领王景胤、孔陵攻打东、西晋寿郡，两郡派人告急，众人劝元起赶快救援，元起说：“朝廷距此万里之遥，军队如不能马上到达，一旦贼寇势力蔓延，那时需要用兵讨伐，统领军队的责任，不是我还有谁呢？为什么现在这样着急催促我？”黔娄等人苦苦劝说，他一概不听。等梁武帝下诏授以他兵符，令他统率各路军马救援汉中，这时，北魏已攻占了两晋寿郡。
萧渊藻将要到来前，元起大肆收拾行装，把储备的粮食器械都准备带走。萧渊藻入城后，向元起要匹好马，他说：“小毛孩子，要马干什么。”渊藻恼恨，乘他醉酒把他杀死。元起部下包围成都，大哭并追问原因，渊藻害怕，谎称：“天子有诏令。”众人才散去。于是他向朝廷假报元起谋反，武帝对此怀疑。有官员追加弹劾，要求取消他的爵位封地，武帝下诏减去一半封邑，封为松滋县侯。元起旧时部下广汉人罗研到朝廷上为他诉冤，武帝说：“果然与我料想的一样。”于是派人去责备萧渊藻说：“元起平益州是为你报仇，你杀他却是为仇人报仇，忠孝之道哪里去了？”贬萧渊藻官号为冠军将军。追赠元起为征西将军，赐鼓吹仪仗一部，谥为忠侯。
当初，元起在荆州时，刺史随郡王萧子隆上奏齐帝荐他作从事别驾，荆州别驾庾荜坚决不同意，元起很恼恨他。后来梁武帝的军队到建康城下，庾荜在城里很害怕。平定建康后，元起先派人把庾荜接出来，对别人说：“庾别驾要是被乱兵杀了，我就没法说清楚了。”于是赠送庾荜许多钱财。少年时有一次到他家在西沮的田舍，碰上有和尚登门乞讨，他有稻米近二十斛，全都施舍给和尚。当时人们称赞他这两件事办得有气量。元起刚被委任为益州刺史时，路过江陵接他的母亲，他母亲信奉佛教，正在家里头做佛事，不肯离去。元起拜请她和自己同行。他母亲说：“你贫贱家的孩子忽然得到了富贵，怎么会保持长久？我宁可死在这里，也不能和你一起陷进灾祸。”元起行至巴东，听到蜀地动乱，让蒋光济卜筮，碰上《蹇》卦，长叹道：“我难道是  邓艾  (《南史白话文》人物)而碰上这种事了吗？”后来果然应了卜筮的结果。